门罗在政治上坚持推行折衷调和的方针。在第二次独立战争中,联邦党由于反战投降,不得人心。但少数联邦党人并不甘心自己的失败,煽动新英格兰各州的一部分联邦分子要求脱离联邦。门罗为了维护国家统一、团结联邦派,曾周游南北,同各派政治头目交换意见,陈述联合之利,分裂之害。经他奔波游说,两派没有公开决裂,并在一定范围内趋于合作,开创了美国历史上的“和睦时期”。
尔后,门罗又以同样的方针处理了美国南部和北部各州的矛盾。1819年,南部和北部各州为增加参议员的代表名额,在密苏里州加入联邦问题上发生争吵。南部各州主张密苏里州以蓄奴州加入联邦,北部各州主张密苏里州以自由州加入联邦。在门罗的敦促下,南北两方在1820年达成了“密苏里妥协案”,即规定密苏里作为蓄奴州加入联邦,同时让马萨诸塞州划出缅因州作为自由州加入联邦。以此为例,规定今后凡有一个自由州加入联邦,必须同时有一个蓄奴州加入联邦。法案还进一步规定,今后西部土地在北纬36度30分以南为蓄奴州;该线以北则为自由州。这是一次南北两种社会制度冲突明朗化的表现,同时,它也使北方资产阶级和南部种植园奴隶主达到了暂时的妥协和休战。